Большинство пользователей использует виртуальные хостинги на которых жёстко ограничен PHP set_time_limit 60 секундами. Использовать САНТИ на них практически не возможно, кроме как исключая из сканирования определённые директории. Потому как САНТИ просто не успевает произвести сканирование, так как срабатывает ограничение хостера на время выполнение PHP. Я уже молчу даже про бэкап файлов. Это вообще не реально... Замечательный инструмент просто не возможно использовать.

Предлагаю во-первых при установке уточнять эту настройку у пользователя, чтобы знать чему равен тайм-лимит. А во-вторых, при запуске в ручном режиме из браузере использовать JavaSripts для обхода этого ограничения - остановки и рестарта скрипта в зависимости от прошедшего времени. Аналогичную функцию можно было бы использовать и для бэкапа файлов. Если запуск же идёт через cron, то создавать временные файлы и делать остановки, а при повторном кроне возобновлять сканирование. Аналогично и с бэкапом.

Есть один известный бесплатный скрипт Sypex Dumper 2 (не сочтите за рекламу). Также делается бесплатно добрым хорошим человеком. Он делает бэкап баз данных MySql. Так вот в нём как раз реализован данный функционал JavaScripts, который останавливает скрипт и возобновляет его работу. Можно использовать как образец. Автору САНТИ известен Sypex, он сам упоминал о том использовал его коды (они есть в свободном доступе и открыты для использования) при создании САНТИ.